अम्मा और भाजपा के बीच सब कुछ ठीक-ठाक नहीं चल रहा है, शायद यही वजह है कि भाजपा जीएसटी बिल के मुद्दे पर संसद का जो दो दिनों का एक्सटेंडेड मानसून सत्र बुलाया जाना तय था, उसे ऐन वक्त कैंसिल कर दिया गया। क्योंकि जीएसटी के मुद्दे पर तमिल महारानी ने अपना रूख सरकार के रणनीतिकारों के समक्ष यह साफ कर दिया था कि वे स्वयं भी जीएसटी बिल के पक्ष में नहीं हैं। जब चैन्नई में जयललिता की मुलाकात प्रधानमंत्री से हुई थी तो उस मीटिंग मंे जयललिता की बातचीत का सारा फोकस उनके ऊपर चल रहे अदालती मामलों से जुड़ा था। भाजपा की ओर से एस. गुरूमूत्र्ति और चो. रामास्वामी ने निरंतर जयललिता से संपर्क बनाया था। मोदी सरकार के दो मंत्रियों नितिन गडकरी और रविशंकर प्रसाद से भी तमिल महारानी के निजी ताल्लुकात बहुत अच्छे हैं पर सूत्र बताते हैं कि पिछले दिनों जब गडकरी और प्रसाद अपने-अपने कार्यों के सिलसिले में चैन्नई में थे तो जयललिता ने इन्हें मिलने का समय देकर भी ऐन वक्त उसे कैंसिल कर दिया, जो कहीं न कहीं केंद्रनीत एनडीए सरकार के प्रति उनकी नाराजगी की एक वजह है।