सीबीआई अपनी पूछताछ में आईबी के स्पेशल डायरेक्टर राजेंद्र कुमार से लगातार यह सवाल पूछती रही कि इशरत के आतंकवादी संगठन से जुड़े होने की ंखबर उन्हें कहां से मिली? तो पता चला कि यह ंखबर तो आतंकवादी संगठन लश्करे-ए-तोइबा से ही निकलकर सामने आई थी। इस संगठन में आईबी ने अपने प्रयासों से मुखबिरों का जाल फैला लिया है। जब आईबी ने उन लोगों की सूची तैयार तैयार की थी कि हिंदुस्तान में लश्कर के कौन-कौन ‘आपरेटिव’ हैं तो उसमें इशरत जहां का भी नाम शामिल था, इसके बाद से ही लगातार आईबी इशरत पर नार रख रही थी। इसी कड़ी में इशरत जब जावेद शेंख के साथ फौाबाद यानी अयोध्या और लखनऊ गई थी तो ये वहां जिस होटल में ठहरे थे वहां अपने को मियां-बीबी के तौर पर र्दा कराया था, बाद के घटना क्रमों में इशरत के ऊपर खुंफिया एजेंसियों का शक बढ़ता चला गया।