रक्षा सौदों में सीबीआई की भूमिका को लेकर भी कई यक्ष प्रश्न खड़े हैं। रक्षा सौदों व तथा रक्षा संबंधी अन्य मामलों को लेकर सीबीआई का ट्रैक रिकार्ड कोई खास अच्छा नहीं। 2004 के बाद से लेकर अब तक सीबीआई ने 18 केस दर्ज किए हैं, ये केस नौकरशाहों व रक्षा मंत्रालय से जुड़े अधिकारियों और आर्मी अफसरों पर हुए हैं। इसमें से 13 मामलों में चार्जशीट फाइल की गई है। जबकि दो केस पर्याप्त साक्ष्य के अभाव में दफ्न कर दिए गए, 3 केस पेंडिंग हैं क्योंकि इससे जुड़े संबंधित देशों की ओर से ठीक से जवाब नहीं मिल रहा है।