सीबीआई को शक है कि 2006 के बाद हुए कम से कम 7 बम विस्फोटों में कथित तौर पर हिंदू आतंकवादियों का हाथ है, हिंदू आतंकवाद भले ही अपने नव संक्रमण काल में हो पर सीबीआई उसकी ताकत को कम करके नहीं आंक रही। चुनांचे 18 फरवरी 2007 के समझौते एक्सप्रेस विस्फोट, 29 सितंबर 2008 के मालेगांव विस्फोट, 4 जून 2008 के थाणे सिनेमा विस्फोट, 16 अक्तूबर 2009 के गोवा बम धमाके, अगस्त 2008 के कानपुर व नांदेड़ बम धमाका तथा 11 अक्तूबर 2007 के अजमेरशरीफ धमाके में सीबीआई हिंदू आतंकियों का हाथ बता रही है। पर इससे पहले सीबीआई को देश को कई अनुत्तरित सवालों के जवाब देने होंगे, कि इन धमाके में देश की शीर्ष खुफिया एजेंसी आईबी और एमआई यानी मिलिट्री इंटेलिजेंस के चंद अधिकारियों की क्या भूमिका थी, और इन एजेंसियों को आदेश कहां से मिल रहे थे…सवाल मौजूं है और इनके जवाब निहायत जरूरी तौर पर दिए जाने चाहिए।